Военная экспедиция против японских поселений на Сахалине
24 июня 1806 года «Юнона» и «Авось» взяли курс на Сахалин, Резанов находился на «Юноне». Изначально Резанов немеревался лично возглавить операцию на Сахалин, но затем решается ехать в Петербург, высадившись в Охотске. 8 августа 1806 года Н.П.Резанов вручает Н.А.Хвостову секретную инструкцию, предписывающую тому совместно с Г.И.Давыдовым предпринять плавание к Южному Сахалину, а также к островам Уруп и Симушир. В ходе этого плавания корабли «Юнона» и «Авось» должны были «войти в губу Анивы», истребить находящиеся там японские суда и захватить в плен годных к работе японцев. Не способным же к труду японцам следовало разрешить перебраться на Хокнайдо, «сказав, чтоб никогда они Сахалина как российского владения посещать иначе не отваживались, как приезжая для торга». В случае высадки на берег русские моряки должны были «обласкать» сахалинских айнов, одарить их сукнами, платьем и другими вещами, айнским старшинам вручить медали. Японские магазины было ведено сжечь, взяв оттуда предварительно все товары.
6 октября 1806 года «Юнона» бросила якорь в заливе Анива. На следующий день часть экипажа высадилась на берег и посетила айнское селение, 8 октября Н.А.Хвостов провозгласил Сахалин владением России. Вот как описывает эту церемонию сам командир «Юноны»: «В 8-мь часов пополуночи отправились на двух судах я, лейтенант Карпинский и корабельный подмастерье Корекин к тому же селению. Подъезжая к берегу, подняли на шлюпке военный, а на баркасе купецкий флаги; добрые айны встретили суда уже в большем числе и присели на колени, когда мы вышли на берег, старались объяснить кое-какими словами, что мы россияне и друзья их; я приказал на берегу поставить флагшток, на котором подняли оба флага, как военный, так и коммерческий. Показывая на судно, одарил всех платками и разными безделицами, на тоена или старшину селения надел лучший капот и медаль на владимирской ленте при троекратном из шести ружей выстреле, с судна на каждый залп ответственно из одной пушки. Здесь должно заметить, что ружейная стрельба не произвела на айнов ни малейшего страха, но когда увидели огонь и звук пушек, то ужаснулись и приклонили головы. Старшине при медали дал лист, на котором написано «1806 года октября дня» Российский фрегат «Юнона» под начальством флота лейтенанта Хвостова, в знак принятия острова Сахалина и жителей оного под всемилостивейшее покровительство российского императора Александра I, старшине селения, лежащего на восточной стороне губы Анива, пожалована серебряная медаль на владимирской ленте. Всякое другое приходящее судно, как российское, так и иностранное, просим старшину сего признавать за российского подданного».
После этого российские моряки разорили все найденные ими на берегу залива Анива японские магазины и фактории, захватили в плен четверых японцев. Находившиеся на японских складах товары были частично захвачены (всего на «Юнону» было погружено до 1000 пудов риса, до 100 пудов соли, а также невода, посуда, другие предметы), частично, по предложению Н.А.Хвостова, разграблены винами. Затем все японские постройки и запасы строевого леса были сожжены. 16 октября «Юнона» покинула залив Анива.
В мае 1807 года «Юнона» и «Авось» появились у берегов Итурупа. 18 мая Н.А.Хвостов и Г.И.Давыдов высадили десант в бухте Найбо и сожгли находившееся здесь небольшое японское селение. Далее они атаковали Сяна — самое крупное поселение японцев на Итурупе (в настоящее время город Курильск). Сравнительно многочисленный (до 300 солдат) гарнизон Сяна был легко разгромлен. Магазины японских купцов и промышленников были разграблены, а само поселение сожжено. 27 мая «Юнона» и «Авось» покидают Итуруп. Посетив Уруп, оба судна 10 июня вошли в залив Анива. Предав огню оставшиеся там японские строения, Н.А.Хвостов и Г.И.Давыдов двинулись в направлении Хоккайдо. В районе небольшого острова Пик-де-Лангль (у северо-западной оконечности Хоккайдо) они сожгли четыре японских судна. Бывший на судах груз (рис, рыба, соль) был захвачен.