Эксплуатировались самолеты Бе-12НХ Сахалинской авиакомпанией «Тихоокеанский авиаработник» (САКТОАР). Они летали на острова Кунашир, Парамушир, Шикотан, Итуруп и Семушир. В 1992–1993 годах регулярные рейсы выполнялись, как экипажами ТАНТК, так и САКТОАРа, на острова Кунашир с посадкой в Южно-Курильской бухте и последующим выходом амфибии на берег.
Самолеты-амфибии совершили в Сахалинской области 260 полетов с налетом 628 часов, перевезли 401,5 тонны грузов и 2055 пассажиров. Было выполнено 68 полетов на разведку рыбы, 20 полетов – по контролю экономической и экологической зон. Еще около 60 полетов выполнено по программам подготовки летного состава гражданской авиации для эксплуатации самолетов-амфибий Бе-12НХ. При ликвидации последствий землетрясения в октябре 1993 года самолет-амфибия Бе-12НХ, под управлением таганрогского экипажа, в течение первых пяти дней был единственным средством доставки аварийных грузов на остров Кунашир. Но, к сожалению, служба этих машин продолжалась недолго.
Бе-12НХ (серийный №9601403, бортовой 65) потерпел аварию 30 марта 1993 г. при выполнении посадки в Южно-Курильской бухте о. Кунашир. Полет выполнялся с пассажирами из Южно-Сахалинска, экипажем авиакомпании САКТОАР. Командир, пилот 1-го класса Ю.А. Медведев, сделав неправильный расчет на посадку, сел с перелетом и на повышенной скорости. При посадке экипаж не снял воздушные винты с упора, в результате чего возникла угроза выхода самолета на берег. Чтобы избежать этого командир начал разворот влево. В результате машина с выпущенными шасси выскочила на мелководье. В корпус лодки стала поступать вода. Из экипажа и пассажиров никто не пострадал. Попытка «спасателей» вытянуть трактором самолет на берег, привела к отрыву хвостовой части лодки (по кабину радиста), а остальное завершил начавшийся шторм.
Вторую амфибию Бе-12НХ (серийный №9601702, бортовой 82) потеряли в результате аварии при посадке, там же, на о. Кунашир, ровно через семь месяцев – 30 октября 1993 г. Самолет выполнял полет с 2 тоннами груза и 16 пассажирами из Южно-Сахалинска. Командиром был все тот же Ю.А. Медведев. В состав экипажа входил в качестве бортинженера генеральный директор авиакомпании С.Э. Коняшов, кроме того, на борту был инструктор-проверяющий А.Н. Бануков (директор по летной работе САКТОАРа). В тот день в Южно-Курильской бухте волна (ветровая и зыбь) достигала высоты 1–1,5 метра, что, как определила комиссия, расследовавшая аварию, почти в 2 раза превышало ограничения для самолета. Перед выполнением посадки экипаж сделал четыре прохода над бухтой, летчики определили, что садиться при этих гидрометеоусловиях нельзя, но потом по непонятным причинам изменили свое решение. Пробег амфибии сопровождался несколькими выбросами из воды с сильными ударами лодки о воду (по свидетельству очевидцев самолет полностью скрывался за пеленой воды), в результате чего был отбит правый поплавок. При выполнении посадки серьезно пострадал штурман Н.А. Карандашов. Самолет накренился на правое крыло, при уменьшении скорости для выпуска шасси крен увеличился, и винт правого двигателя захватил волну. Двигатель автоматически выключился с флюгированием винта. После касания правым колесом грунта, самолет, наконец, остановился в 120 м от берега. Других повреждений амфибия не получила и находилась на плаву, но то чего «не добились» летчики, продолжили наземные службы при снятии пассажиров катером. В результате этой операции обшивка лодки в районе отсека радиста была пробита в нескольких местах и уже через несколько часов самолет на три четверти заполнился водой. Предпринятые попытки извлечь самолет из воды успехом так и не увенчались, и машину бросили в таком положении.
Опыт эксплуатации Бе-12НХ на Курилах показал, что этот, несомненно, нужный в этом регионе самолет, требует особого внимания к подбору и подготовке командиров амфибий, а так же дополнительной теоретической и летной подготовке остальных членов экипажа. Но заниматься этим на государственном уровне, тогда никто не захотел, поэтому переоборудованная в Бе-12НХ ещё одна амфибия (серийный №9601505, бортовой 96), пока, до лучших времен, находится на стоянке заводского аэродрома в Таганроге.